Según una Resolución de 25 de mayo de 2017, publicada en Boletín Oficial de Cantabria del 5 de junio, el IES Santa Clara de Santander ha sido acreditado como Centro Histórico de la Comunidad Autónoma de Cantabria.
Con esta acreditación, se reconoce el trabajo que el instituto está desarrollando para conservar y difundir su patrimonio histórico educativo y se facilita la realización de sus planes de actuación sobre este patrimonio para el futuro inmediato.
El Instituto de Santander comenzó sus actividades en el viejo convento de Santa Clara en el otoño de 1838 y en el actual edificio, que se acabó de construir a finales de 1915, empezaron a impartirse las clases en enero de 1916.